優勝・JUWNES（東海地区代表）
準優勝・東京バンバータ（関東地区代表）
北海道地区代表・箱館ぱんち野球団（函館ブロック）
地区代表決定戦 2016年10月1日(土)・2日(日) 旭川ドリームスタジアム
東北地区代表・株式会社 阿部繁孝商店（十和田・八幡平・八戸道ブロック）
地区代表決定戦 2016年10月29日(土)・30日(日) グリーンスタジアム横手
北信越地区代表・小千谷名球会（新潟ブロック）
地区代表決定戦 2016年10月22日(土)・23日(日) ハードオフエコスタジアム新潟
関東地区代表・東京バンバータ（東京Aブロック）
地区代表決定戦 2016年10月29日(土) 一本杉公園野球場（多摩市）・2016年10月30日(日) 一本杉公園野球場（多摩市）
2016年11月5日(土) 府中市民球場・2016年11月6日(日) 立川市営球場
東海地区代表・JUWNES（愛知ブロック）
地区代表決定戦 2016年10月8日(土) パロマ瑞穂野球場 ※予備日：10月9日(日)
関西地区代表・インパルス（京都ブロック）
地区代表決定戦 2016年11月3日(木・祝) 舞洲ベースボールスタジアム
中国・四国地区代表・チーム綾南（香川ブロック）
地区代表決定戦 10月30日(日) 岡山県営野球場
九州沖縄地区代表・JF長崎漁連野球部（長崎ブロック）
地区代表決定戦 10月22日(土)・23日(日) 筑豊緑地公園野球場
