優勝・JUWNES(東海地区代表)
準優勝・東京バンバータ(関東地区代表)
北海道地区代表・箱館ぱんち野球団(函館ブロック)
地区代表決定戦 2016年10月1日(土)・2日(日) 旭川ドリームスタジアム
東北地区代表・株式会社 阿部繁孝商店(十和田・八幡平・八戸道ブロック)
地区代表決定戦 2016年10月29日(土)・30日(日) グリーンスタジアム横手
北信越地区代表・小千谷名球会(新潟ブロック)
地区代表決定戦 2016年10月22日(土)・23日(日) ハードオフエコスタジアム新潟
関東地区代表・東京バンバータ(東京Aブロック)
地区代表決定戦 2016年10月29日(土) 一本杉公園野球場(多摩市)・2016年10月30日(日) 一本杉公園野球場(多摩市)
2016年11月5日(土) 府中市民球場・2016年11月6日(日) 立川市営球場
東海地区代表・JUWNES(愛知ブロック)
地区代表決定戦 2016年10月8日(土) パロマ瑞穂野球場 ※予備日:10月9日(日)
関西地区代表・インパルス(京都ブロック)
地区代表決定戦 2016年11月3日(木・祝) 舞洲ベースボールスタジアム
中国・四国地区代表・チーム綾南(香川ブロック)
地区代表決定戦 10月30日(日) 岡山県営野球場
九州沖縄地区代表・JF長崎漁連野球部(長崎ブロック)
地区代表決定戦 10月22日(土)・23日(日) 筑豊緑地公園野球場